Longtemps subordonné à Gy-les-Nonains (on l'appelait Saint-Germain-lez-Gy), Saint-Germain-des-Prés tire son nom du passage en 445 de Saint Germain, évêque d'Auxerre puis de Paris, qui se rendait à l'ouest du Loiret. Il utilisa l'eau de la fontaine du village pour procéder à ses sacrements. On baptisa Saint Germain cette source et le village. Les prairies étaient nombreuses sur la commune, il était normal d'adjoindre le vocable "des Près". La fontaine (actuellement le lavoir) est alimentée par une source remarquable qui ne gèle pas, donnant de l'eau toute l'année et permettant au moulin de ne jamais s’arrêter. Au XIVe siècle, plusieurs moulins tournaient grâce au courant de l'Ouanne. Jusqu'à la guerre de Cent ans, la forêt de Montargis recouvrait la moitié de la commune. En 1429n le village reçut Jeanne d'Arc qui chevauchait vers Gien. L’Église de la commune a servi en 1793 d'infirmerie et de mairie, en 1814 de caserne et d'écurie pour les chevaux des Cosaques.