Située aux confins de la Puisaye et du Val de Loire, sa situation géographique en a fait jadis une importante agglomération. Au XIIe siècle, les bénédictins de l’ordre de Cluny installèrent un prieuré qui fut malheureusement démoli en 1850. Bonny fut une place-forte durant la guerre de Cent-Ans.

Composée de styles différents, l’église Saint-Aignan, monument classé, a été édifiée depuis le Roman jusqu’à la Renaissance. L' oeuvre maîtresse est le portail des dignités daté de 1543 de style Renaissance italienne.